Phùng rời bỏ Viên Thế Khải khi ông ta mưu khôi phục đế chế. Viên phong cho Phùng tước Công, nhưng Phùng từ chối. Sau đó Viên phái một đô đốc ám sát Phùng nhưng viên đô đốc thất bại và bị xử tử. Phùng rời đến Nam Kinh và gia nhập lực lượng phản Viên. Tên ông bị bỏ ra ngoài trong di chúc của Viên.

Phùng sau đó trở thành Phó tổng thống dưới thời Lê Nguyên Hồng. Trong khi Trương Huân chiếm Bắc Kinh, Phùng là Đại Tổng thống lâm thời, rồi Đại Tổng thống chính thức sau khi Lê từ nhiệm.

Ông tuyên thệ làm Đại Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc ngày 1 tháng 8 năm 1917 nhưng tính hợp hiến của vị trí này bị thách thức vì Quốc dân Đại hội không được triệu tập để công nhận ông.

Ngày 14 tháng 8, Trung Hoa tham gia Thế chiến I bên phe Đồng minh sau khi những bằng chứng về sự ủng hộ của Đế quốc Đức với cuộc chính biến Trương Huân bị lộ, cũng như những nỗ lực vận động của Thủ tướng Đoàn Kỳ Thụy. Ông gửi khoảng 135.000 lính trong các tiểu đoàn công binh tới Mặt trận phía Tây, Lưỡng Hà và Đông Phi thuộc Đức. Quân đội được gửi tới Nga để hỗ trợ quân Đồng minh. Tôn Dật Tiên thành lập chính phủ đối lập ở Quảng Châu trong tháng 9 năm 1917 và cũng tuyên chiến cùng tháng đó sau khi thất bại trong việc nhận được sự ủng hộ của quốc tế. Phùng muốn giải quyết hòa bình xung đột Nam-Bắc nhưng Đoàn phản đối và từ chức. Do áp lực từ phe An Huy, ông phục vị Thủ tướng cho Đoàn. Phùng hoàn tất nhiệm kỳ 5 năm do Viên bắt đầu năm 1913 vào ngày 10 tháng 10 năm 1918 và chết ở Bắc Kinh vì bệnh.